29 OCAK 2004 tarihinde yürürlüğe giren “Dernek ve Vakıfların Kamu Kurum ve Kuruluşları ile ilişkilerine dair Kanun” gereğince, Vakıf Senedinde değişiklik yapmak gerekmiş, yasaya paralel olarak hazırlanan yeni Vakıf Senedi 19 Ekim 2004 tarihinde yürürlüğe girmiştir. Vakıf Genel Müdürlüğü Mithatpaşa Caddesi 61/11 KIZILAY-ANKARA adresine taşınmış ve Vakfın ismi “TSK Sağlık Vakfı” olarak değiştirilmiştir.
Vakıf Genel Müdürlüğünün teşkilatı, Mütevelli Heyet tarafından çıkarılan bir yönetmelikle belirlenmiştir. Vakıf Genel Müdürlüğü; Vakıf Senedinde belirtilen amaçlara uygun olarak projeler üretmek, Yönetim Kurulu gündemini belirlemek ve alınan kararları yerine getirmek, sonuçları hakkında Yönetim Kuruluna bilgi vermek şeklindeki görevini yürütmektedir.