Bu asirda yeniçerilere ak, sipahîlere kirmizi, silahdar bölügüne san, orta ve asagi bölüklere alaca renkli olarak verilen bayraklar bu birliklere verilen sancak mahiyetinde idi. Çünkü Osman Gazi'den Itibaren Kanunî devri de dahil olmak üzere padisahlara mahsus olan bayrak beyaz renkli idi. Yavuz Sultan Selîm Han'in Çaldiran ve Misir seferlerinde, otaginin önüne hakimiyet alameti olan beyaz ve kirmizi renkli bayraklar dikilmisdi. Ayrica Yavuz Sultan Selim Han zamaninda, bugün Topkapi Sarayi mukaddes emanetler dairesinde bulunan, Peygamber efendimize satlallahü aleyhi ve sellem aid olan Sancak-i serîf Osmanlilara geçti. Çok büyük hürmet ve ihtimam gösterilerek asirlardir muhafaza edilen Sancak-i serif kilif içinde bulundurulur, asla açilmazdi. Sefer-i hümayunlarda padisahlar beraberlerinde götürürlerdi. Halifelik alametlerinden biri olan Sancak-i serif, devleti son derece tehdîd eden hallerde ve isyanlarda padisahin emriyle çikarilir, millet, asilere karsi Sancak-i serifin altinda toplanmaya çagrilirdi. Bu suretle millet birlik içinde hareket ederek isyani bastirirdi.
Yavuz Sultan Selim zamaninda Çaldıran seferinde ilk defa olarak kullanilan yeşil renkli bayrak, bu devirden sonra da hemen her zaman sık sık kutlanılmıstır. Osmanlilarin, hilafeti de haiz olduklarini göstermek ve Peygamber efendimizin mesru halefleri olduklarini belli etmek için kullandiklari yesil renkli sancak, Barbaros Hayreddîn Paşa ve Uluç Ali Reis'in donanmalarında da kullanildi. Peygamber efendimizin SAV üye oldugu Haşimîlere aid olan yesil renkli sancak, sultan birinci Mahmud Han devrinde donanmanın bayrağı kabul edildi.
Kanunî Sultan Süleyman Han devrinde de beyaz, alaca, kirmizi ve san bayraklara siyah ve yesil renkliler de ilave edildi. Dogrudan dogruya padisahin hassa kuvvetini teskil eden kapikulu ocaklarinin tasidiklari bayraklar, umumiyetle saltanat sancaklari sayilirdi. Macaristan seferine çikan ve orduya kumandan tayin edilen sadrazam Ibrahim Pasa' ya; beyaz, yesil ve sari renkte üç sancakla iki kirmizi, iki de alaca bayrak verilmesi bu hususu isbat etmektedir. Toprakli süvarinin yukansi yesil, asagisi kirmizi renkte olmak üzere iki renkli bayragi vardi.
Osmanli ordusunda oldugu gibi, donanmasinda da türlü renk ve sekillerde bayraklar kullanildi. On besinci asirda genellikle kirmizi renkli bayraklar kullanildigi halde on altinci asirda kumandana mahsus bayragin yesil, derya beylerinin ise beyaz, kirmizi, sari, sarikirmizi, ufkî çizgili alaca bayraklar kullandiklari görülmektedir. Bu asirda ticaret gemilerinin beyaz bayraklar tasidiklari da bazi kaynaklardan anlasilmaktadir. Daha sonraki asirlarda da kapdan pasalara mahsus olan bayrak yesil idi. Gemi sancaklarinda en ziyade kirmizi (al) renk kullanilmakla beraber, yesil bayraklar da çöktü. Bunlarin kimlere aid oldugu üzerlerindeki sekillerden anlasilirdi. Sultan birinci Mahmud Han devrinden sonra donanmada daha çok yesil sancaklar kullanilmaya baslandi.
Kalyonlarin kıç sancaklari yesil oldugu gibi, amirallere mahsus forslar da yesil zemin üzerinde zülfikar ve hilal sekillerini ihtiva ederdi. Sultan üçüncü Selîm Han zamaninda ordu ve donanmada yapilan yeni düzenlemeler esnasinda bayraklar üzerindeki hilal sekline, sekiz köseli yildiz ilave edildi. Bayrak mes'elesinin muayyen esaslara baglandigi bu devirde, büyük gemilerin muhtelif direklerine çekilecek bayraklar tesbit edildi. Padisaha mahsus gemiye (taht gemisi) çekilecek kirmizi sancagin üstünde sultan üçüncü Selim Han'in tugrasi vardi. Ticaret gemilerinin tasidigi bayraklarin renk ve sekillerinin tesbit edildigi bu dönemde, Cezayir beylerbey inin, üst kösesinde beyaz renkte sarikli bir insan basi bulunan kirmizi bayragi vardi. Bu dönemde kumandan forslari yesit olup, beylerbeylige aid ticaret gemilerinin bayragi; yesil, beyaz, kirmizi üç ufkî parçadan meydana gelmisdi. Tunus ve Cezayir ticaret gemileri ortasi yesil olmak üzere iki mavi, iki kirmizi, bes ufkî parçadan meydana gelen bayraklar tasiyordu, Trablus beylerbeyi île istanbul limanina mahsus sancak, üç hilalli olup yesildi. Sultan üçüncü Selîm Han devrinde kurulan Nizam-i cedîd ordusu kit'alari için ihdas edilen, ortasina sari. sirma ile bir hilal, yahut ortadaki hilalden baska dört kösesine de hilaller islenmis kirmizi veya fes rengi bayraklar kullanildi.
Sultan ikinci Mahmud Han zamaninda da bayrak sekilleri hemen hemen ayniyle devam etti. Ancak bu devirde kalelere ve hükümet binalarina ayyildizli al sancak çekildigi görülmektedir. Yeniçeri ocaginin kaldirîlmasi üzerine bunlara aid hususî bayraklarin kullanilmasina son verildi. Yeniçeriler arasinda çok yayilmis olan yeniçeriligi ve bektasiligi hatirlatan bir takim kelimelerle birlikte bayrak kelimesinin kullanilmasi da yasak edildi. Bunun yerine sancak kelimesinin kullanilmasi için her tarafa emirler verildi.
Yeniçerilerin son zamanlarinda daha ziyade kirmizi renkte, üzerinde beyaz bir pençe, bir zülfikar ve bir daire sekli bulunan çatal uçlu bayraktar kullanildi.
Sultan ikinci Mahmüd Han tarafindan kurulan Asakir-i Mansüre-i Muhammediyye'ye mahsus olarak üzerinde kelime-i sehadet veya fetih ayetleri bulunan siyah bayraklar yapildi. Siyah rengin tercihi Peygamber efendimizin Ukab adli meshur siyah sancaginin rengini taklid etmek maksadiyladir.
Ikinci mesrutiyetin îlanina kadar orduda üzerinde ayetler yazili ve hükümdarlarin ortasi tugrali armalarini tasiyan sirma saçakli çesitli alay sancaktan kullanildi ve ondan sonra da bu adet devam etti. Bu sancaklarin rengi umumiyetle kirmizi idi.