Malatyanın Zaptı
Sultan Bayezid, Kadı Burhaneddin'in ülkesini kendi ülkesine ilhak ettikten sonra Bursa'ya dönmüştü. Bundan kısa bir müddet sonra 15 Şevval 801 (20 Haziran 1399) günü vefat eden Memlûk Sultani Berkuk'un bu ani vefatı, gerek ülkesinde gerekse didarda bazı tesirlerin meydana gelmesine sebep olmuştu. Timur'un, kendisinden çekindiği Berkuk'un ölümüne sevindiği anlaşılmaktadır. Nitekim İbn Hatib en-Nâsiriya'nin bildirdiğine göre Berkuk'un ölümünden büyük bir ferah ve sevinç duyan Timur, ölüm haberini getirene 15.000 dinar vermişti. İbn Arabşah ise, Hine seferinde iken bu haberi alan Timur'un sevinçten adeta uçtuğunu tasvir eder.
Memlûk Sultani Berkuk'un ölümü üzerine yerine geçen oğlu Ferec'in küçük ve tecrübesiz olması yanında emirler arasında meydana gelen ihtilaflar ayni zamanda Yıldırım Bayezid'a de memnun etmiş görünmektedir. Şayet Ahmedî'nin verdiği bilgileri doğru kabul edersek Yıldırım'ın da buna sevindiğini söyleyebiliriz. Fakat bu sevincin doğrudan doğruya ve sadece ölüm sebebiyle mi yoksa başka bir maksattan mı kaynaklandığı belirtilmemektedir. Ahmedî bu konuya bir açıklık getirmeden söyle der:
"Buna isidüb Sam'a ol kasd eyledi
Mısır benüm oldi deyü söyledi.
Demedi ol öldi ben dahi ölürem.
Söyle kim ol oldi ben dahi oluram."
Gerçekten, Ferec'in küçük ve tecrübesiz olması, o esnada Timur'un da Hindistan'da büyük bir istila ile meşgul olmasını fırsat bilen Bayezid, daha önce Anadolu Selçukluları ülkesinde iken bilahare Mısırlılar eline geçmiş olan bölgelerin zaptına karar verir. Bunun için daha önce Kadı Burhaneddin'e ait olduğunu belirttiği Malatya'nın kendisine verilmesi için Nasiruddin Ferec'e bir elçi gönderir. Ret cevabi alması üzerine Sivas'tan Malatya'ya gider. Şehrin müdafaa edildiğini görünce şehri kuşatır. Bu kuşatmanın devam etmesinin aleyhlerine olacağını anlayan Malatyalılar teslim olur. Yıldırım, oraya bir miktar asker koyarak geri döner. Bu arada a ait Kâhta, Besni, Divriği ve Darende kaleleri de Osmanlılara geçmiş olur. Böylece Elbistan da, Orta Fırat havzasına kadar uzanan Osmanlı hududu içine girmiş olur.
Mısır'da meydana gelen saltanat değişikliğinden istifade ile Malatya ve çevresini alan Yıldırım Bayezid'a karsı kader, başka bir şekilde tecelli edecekti. Bu tecelli de Ahmedî'nin dediği şekilde olacaktı.
Mısır'da meydana gelen sarsıntıyı dikkatle takip edenlerden biri de şüphesiz ki Timur'du. O, Osmanlılar ile Memlûklar arasındaki çatışmayı çok iyi değerlendirip her iki düşmanını ortadan kaldırmak için zamanın geldiğine karar verir. Timur, 1400 yılında Azerbaycan ve Doğu Irak'ta hâkimiyetini yeniden kurduktan ve Gürcistan'ı zapt ettikten sonra Pasinler'e doğru yol almaya baslar. Bu sırada Bayezid'a itaati kabul etmeyen Erzincan Emiri Mutahharten Bey ile Bayezid tarafından beyliklerine son verilen Menteşoğlu, Saruhanoğlu Hızır Sah, Germiyanoglu Yakub Bey, Aydınoğlu Isa Bey'in oğlu Musa Bey, Timur'a bas vurarak kendisine olan bağlılıklarını bildirip topraklarını geri almak için yârdim isterler. Buna karşılık, Timur'un önünden kaçan ve Bagdad'da hüküm süren Celayirli Sultan Ahmet ile Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf, Sultan Bayezid'a sığınırlar. Bunlara büyük bir iltifat gösteren Bayezid, Sultan Ahmet'e Kütahya şehrini, Kara Yusuf da Aksaray'ı ikamet yeri olarak tahsis eder. Ayrıca bu şehirlerin gelirlerini de onlara verir.
Bu iki düşmanının, Bayezid tarafından kabul ve himaye edilmesi, zaten savaşmak üzere Anadolu'ya gelmiş olan Timur'a savaş için bir fırsat verir. İki hükümdar arasında teati edilen mektuplar müspet bir netice vermez. Hatta Timur, Osmanlı idaresindeki Sivas'a girerek (Ağustos 1400), şehri savunan herkesi kılıçtan geçirtti. Timur, yalnız Sivas'ı tahribe ile kalmamış, hatta kendisini Mushaflar (Kur'an ve Kur'an sayfalan) ve tevhidiler ile karşılamaya çıkan çocukları, ordusundaki atların ayakları altında çiğnetmiştir. Âli'nin, Künhü'l-Ahbar (III, s. 96)'inda zikr edilen bu vak'a, Timur ile ayni zamanda yasamış olan Ermeni tarihçisi Thomas de Medzoph tarafından da kayd edilmiştir. Böyle bir katliamdan sonra Sivas adeta bir harabeye dönmüş oldu. Timur, daha sonra güney istikametinde hareket ederek Malatya ve Suriye'yi işgal eder. Gerek Halem, gerekse Suriye'nin diğer şehirlerinde büyük zulümler yapar. Şam'da (Dimaşk) büyük bir katliama girişen Timur, sonunda Yezide b. Muaviye'nin kabrini buldurarak açtırır. Kemiklerle birlikte kabri yaktırıp içine pislik doldurur.
Timur'un güneye inmesinden istifade eden Bayezid, Sivas ve Erzincan'ı da alarak Timur'a karsı stratejik bir üstünlük sağlamaya çalıştı. Bir ayağının sakat olmasından dolayı Osmanlı tarihlerinde "Timurlenk" veya "Aksak Timur" diye isimlendirilen Timur ile Bayezid arasında teati edilen mektup ve gönderilen hediyeler de bir fayda sağlayamamıştı. Zira Timur'un teklifleri bir bakıma Osmanlı hükümdarının diğer beyler gibi tamamen kendisine tabi olmasını eme eden bir mahiyet taşıyordu. Nitekim o, Sultan Bâyezid'den su isteklerde bulunuyordu:
1- Kemah'ın Mutahharten'e geri verilmesiyle ailesinin serbest bırakılması.
2- Şehzadelerinden birinin kendi yanına gönderilmesi.
3- Metbuiyet alâmeti olarak kendisine gönderilecek olan külah ile kemerin kabul edilmesi.
4- Anadolu beylerinden alınan yerlerin yine eski sahiplerine iade edilmesi.
5- Kara Yusuf'un kendisine teslimi. Bu esnada Kara Yusuf, Osmanlılar'ın yanından ayrılmış olduğundan istenenin Kara Yusuf'un ailesi olduğu anlaşılmaktadır. Yıldırım Bayezid gibi bir hükümdar için çok olmasına rağmen o, bu şartlan değerlendirmek için çevresiyle istişarede bulunur.
Bununla beraber, bütün bunlara karsı ihtiyatlı hareket edilmesini tavsiye eden vezir-i azam Ali Paşa'ya Sultan Bayezid söyle diyecektir:
"Şerefimiz ve karsı koyacak kuvvetimiz vardır. Tâbi olamayız ve istiklâlsiz yasayamayız." Bu esnada o, Timur'la meydana gelebilecek bir savası düşünerek Bizans İmparatoru ile anlaşır ve İstanbul muhasarasını kaldırıp oradaki askerini geri çeker.